El Negociado de Higiene Alimentaria desarrolla las siguientes funciones:

• Control oficial del matadero de aves UVESA.
• Control oficial del mercado de mayoristas MERCAMÁLAGA.
• Vigilancia y control higiénico-sanitario de establecimientos de comercio al por menor de alimentos.
• Vigilancia y control higiénico-sanitario de establecimientos de establecimientos de restauración, incluidos aquellos cuyas comidas van dirigidas a población de riesgo: colegios, residencias de ancianos, centros asistenciales, etc.
• Vigilancia y control higiénico-sanitario de industrias alimentarias que no requieren control permanente.
• Vigilancia y control higiénico-sanitario de los mercados municipales.
• Atención a denuncias relacionadas con la protección de la salud.
• Atención a Alertas sanitarias sobre productos de consumo.
• Atención a notificaciones sobre intoxicaciones alimentarias.
• Emisión de informes para la elaboración de atestación sanitaria y de certificados de exportación de alimentos a Terceros Países.
• Colaboración con la Consejería de Salud y Familias de la Junta de Andalucía en relación al Plan Nacional de Control de la Cadena Alimentaria.
• Colaboración con la Consejería de Salud y Familias de la Junta de Andalucía en el Plan Nacional de Investigación de Residuos, Plan de Peligros Biológicos, Plan de Peligros Químicos, Plan de Alérgenos, Plan OGM, Plan de Resistencia Antimicrobiana, Plan Lácteo, etc.
• Colaboración con la Agencia Española de Seguridad Alimentaria (AESAN) en la toma de muestra de alimentos para investigación.
• Supervisiones en empresas alimentarias con la finalidad de auditar su sistema de autocontrol.
  Informes sobre incidencias de productos en el ámbito de la Sanidad Exterior.